Le fichier utilisé est le fichier 1BUG de la Protein Data Bank, modifié pour ne conserver qu'une seule chaîne. La molécule de tyrosinase (appelée aussi catechol oxydase) est en effet constituée de deux chaînes identiques.



Entrez la commande ci-dessus et pressez la touche "Entrée", ou cliquez sur le bouton "Execute" (vous pouvez placer plusieurs commandes à la suite, si vous les séparez par des points-virgules). Alternativement, vous pouvez utiliser la console de l'applet (la console se déplace dans cette fenêtre en la saisissant par sa barre supérieure).

Aide sur le langage de commande.

Commandes N'hésitez pas à faire tourner la molécule en cliquant et en glissant le curseur souris, à zoomer en appuyant sur majuscule et glissant le cuseur souris de bas en haut.

En cliquant (dans l'ordre !) sur les liens de la colonne de droite vous exécuterez les commandes affichées dans la colonne de gauche.
wireframe off
backbone 0.5
color shapely 		Soyez patient... Bien que la chaîne d'acides aminés constituant la tyrosinase soit enroulée, cette représentation est la plus proche de ce qui peut être appelé structure primaire (c'est à dire la séquence d'acides aminés).
Sont en rouge : ASP, GLU, en jaune : CYS, MET, en bleu : LYS, ARG, en orange : SER, THR, en gris-bleu : PHE, TYR, en cyan : ASN, GLN, en gris clair : GLY, en vert : LEU, VAL, ILE, en gris foncé : ALA, en magenta : TRP, en bleu pâle : HIS, couleur chair : PRO.
show sequence La séquence s'affiche dans la fenêtre de commande de Rasmol (pour voir le résultat de cette commande dans JSmol, il faut d'abord ouvrir la console : la tyrosinase est une grosse protéine comptant 345 acides aminés.
backbone off
cartoon on
color structure 		La structure secondaire de la molécule apparaît : en raison des propriétés de la liaison peptidique, le squelette d'une protéine dessine le plus souvent une hélice (ici, les hélices α sont en rose).
cartoon off
color white
dots on 		L'espace occupé par la molécule et sa forme globale constitue la structure tertiaire. La tyrosinase est globuleuse.
select ligand and not (atomno=5335 or atomno=5336)
spacefill on
color cpk 		Affiche l'inhibiteur compétitif (qui est équivalent du substrat de cet enzyme). Le site actif étant caché à l'intérieur de la structure, il faut faire tourner la molécule pour découvrir cet inhibiteur.
select his88 or his109 or his118
spacefill on
color shapely 		Afficher les acides aminés histidine (en bleu) du site actif.
select atomno=5335 or atomno=5336
spacefill on
color cpk 		Afficher les deux atomes de cuivre qui interviennent dans la réaction de catalyse.
select all
spacefill off
dots off
wireframe 0.2
color cpk 		Réinitialiser

Références

Adresse de cette page: http://www.didac-tic.fr/pdb/tyrosinase/index.php