ClustalX et TreeView

Il n'est pas possible de charger les séquences en cliquant sur le fichier, vous devez le faire à partir du menu File, option Load sequences, ou option Append sequences (pour les ajouter à celles existantes).

Une comparaison simple des séquences est permise dès leur chargement grâce à l'utilisation de couleurs et à la régle indiquant les différences sous forme de barres blanches (les étiquettes d'ordre de la régle sont calées à droites : pour l'étiquette 100, c'est le zéro final qui indique réellement la centième position). Pour une comparaison plus élaborée (qui tient compte des discontinuités introduites par une délétion ou une addition), utilisez le menu Alignement et l'option Do complete alignement Choisissez votre dossier personnel pour enregistrer les fichiers (ou le bureau).

En général la comparaison avec discontinuité n'a pas de sens pour des chaînes protéiques, sauf en cas de délétion ou d'addition d'un codon complet dans l'allèle correspondant.

Le logiciel génère un arbre phylogénétique par le menu Tree, option Draw N-J Tree. Enregistrez le fichier .ph dans votre espace personnel ou sur le bureau.

Il est possible d'ouvrir l'application en cliquant directement sur un fichier .ph généré par ClustalX, sinon utilisez le menu File, option Open pour charger un fichier.

Pour afficher un arbre phylogénétique (dont la longueur des branches représente le temps écoulé depuis une duplication de gène ou une spéciation), Cliquez sur ou sélectionnez le menu Tree option Phylogram.

Pour "enraciner" l'arbre, Choisissez le menu Tree option Define Outgroup; faites passer la branche la plus ancienne dans l'outgroup en la sélectionnant et en cliquant sur >> Choisissez ensuite l'option Root with Outgroup du même menu : l'arbre phylogénétique est terminé !